دراين موضوع كه حضرت علي (ع)در اواخر عمر شريفشان به مدّت چهار سال و چند ماه مركز حكومت اسلاميشان در كوفه بوده و به يقين در خانه اي سكونت داشته اند، ترديدي نيست ولي اين كه محل سكونت ايشان در كجاي كوفه بوده، بيرون يا درون دار الاماره، اطّلاع دقيقي در دست نيست؛ چون به هر حال اين احتمال وجود دارد، كه مكان فعلي در مجاورت كاخ دار الامارة كوفه، خانه آن حضرت باشد و نيز با توجّه به شهرت اين محل به عنوان خانة امام، ما نيز آن را رد نمي‌كنيم. ، اما تقسيمات درون خانه منسوب به امام علي در كوفه قطعاً با روحيات ايشان سازگاري ندارد و ساخته و پرداخته ذهن كساني است كه در سال‌هاي آخر حكومت صدّام آن را بازسازي كرده اند. ...
به عنوان مثال اختصاص مكاني به عنوان مكتب الحسنين (عليهما السلام) در اين خانه، فاقد هرگونه توجيه عقلايي است. اعتقاد متقن شيعي ما اين است كه آن دو بزرگوار امام بوده اند و علم لدنّي داشته‌اند و نيازي به تعلّم و فراگيري نداشته‌اند.
علاوه بر اين در زمان حاكميت پدرشان در كوفه يعني بين پنجاه و هشت سالگي تا شصت و سه سالگي از عمر آن حضرت، اين دو بزرگوار نيز مرداني سي، چهل ساله و داراي شخصيّت و زندگي مستقل بوده اند و داشتن چنين مكتبي در خانة پدرشان براي آن دو بزرگوار قابل توجيه نيست. برخي كوشيده اند، با ترجمة كلمه مكتب به معني محلّ تدريس يا دفتر كار، مشكل را حل كنند اما قابل پذيرش نيست؛ زيرا چگونه اتاقي به اين كوچكي محل اجتماع شاگردان يا ارباب رجوع به درون خانه شخصي امام چگونه قابل توجيه است؟
از اين‌ها گذشته، نماز هايي كه براي قسمت هاي مختلف اين خانه تشريع و ابداع كرده‌اند، مثل نماز مكتب الحسنين يا نماز چاه اميرالمؤمنين يا نماز مغتسل اميرالمؤمنين يا نماز اتاق حضرت زينب و ام البنين فاقد وجاهت و سند بوده و موجب وهن شيعه است؛ مگر آن كه به زائران تفهيم شود، در اين فرصت‌ها، نمازهاي مأثوري از قبيل نماز هديه به امام عليه السلام يا نماز حاجت يا نمازهاي اداء و قضاي يوميه به جا آورند. از نمازهاي ساختگي هم كه بگذريم روزانه چندين هزار نفر زائر وارد عراق مي‌شوند و جمع زيادي از مردم عراق هم هر روز به اين محل مي‌آيند و همگي مقيدند از اين خانه بازديد كنند يعني از راهروهاي تنگ آن عبور و در هر يك از اين اتاق هاي تنگ نماز بگذارند و همين موجب اختلاط زن ومرد مي شود كه امري ناپسند است.